吉首大学工会（全称中国教育工会吉首大学委员会）成立于1958年，现有27个分工会，工会会员1780余人，下设经费审查委员会和女职工委员会。

吉首大学工会是校教代会的工作机构，负责教代会的日常工作。校教代会下设民主评议领导干部、教学科研、代表提案、校务公开民主管理、教职工生活福利、劳动法律监督等六个常设性工作小组。

吉首大学工会在学校党委和上级工会组织的正确领导下，在学校行政和各方面关心支持下，紧紧依靠各二级分工会和全校各专兼职工会干部的奋发努力，先后荣获“全国模范职工之家”“湖南省模范职工之家”“湖南省教育系统先进基层工会”“湖南省教育系统民主管理先进单位”“湖南省教育系统先进教职工之家”“湖南省教育系统模范教职工之家”等荣誉称号。

吉首大学工会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入学习宣传贯彻党的二十大精神，认真践行习近平总书记关于工人阶级和工会工作的重要论述，认真贯彻落实中国工会十八大精神，紧紧围绕学校中心工作，充分发挥工会组织优势和桥梁纽带作用，全面履行工会基本职能和维权服务基本职责，强化思想政治引领，积极参与学校民主管理与监督，推进教职工队伍建设，切实维护教职工合法权益，关爱教职工身心健康，不断增强工会的引领力、组织力、服务力，团结凝聚广大教职工，奋力开创现代化新吉大建设新局面，为把学校建设成为特色鲜明的高水平教学研究型综合性大学接续奋斗！