吉首大学工会（全称中国教育工会吉首大学委员会）是学校党委领导下的全校教职工自愿结合的工人阶级群众组织。成立于1958年，伴随着学校五十年前进的步伐，不断进步和发展。现有分工会27个，会员１６00余人，下设经费审查委员会和女职工委员会。

吉首大学工会在学校党委和省教育工会的领导、重视、关心及学校行政和全体会员的大力支持下，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，坚持“组织起来、切实维权”的工作方针，树立和落实“以职工为本，主动依法科学维权”的工会维权观，紧紧围绕学校改革发展大局以及教育教学中心，以维护教职工合法权益为己任，加强教职工队伍建设为核心，推进学校民主管理为重点，为教职工办实事做好事为立足点，加强自身建设为保证，切实履行“维护、建设、参与、教育”等社会职能，团结、动员广大教职工为促进学校的改革发展作贡献，做了大量有效的工作，发挥了党组织联系教职工群众的桥梁和纽带作用，得到了党政领导和上级工会的肯定和好评，受到了广大教职工群众的拥护和信赖。曾被湖南省教育工会评为“先进基层工会”“民主管理先进单位”“先进教职工之家”“模范教职工之家”，湖南省总工会授予“模范职工之家”，中华全国总工会授予“全国模范职工之家”。

在新的历史条件下，吉首大学工会将高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，解放思想、锐意创新，凝聚力量、积极奋进，不断开创工会工作新局面，团结动员教职工为学校的发展而不懈奋斗！